Sincères remerciements à Denis Bourguet, Thomas Guillemaud et Fabio Palmieri pour leur aide avec cette traduction.

La page FAQ ASAPbio en anglais est disponible ici: https://asapbio.org/preprint-info/preprint-faq. Si vous avez des questions ou des suggestions concernant la traduction, veuillez nous écrire à iratxe.puebla@asapbio.org.

Questions fréquemment posées sur les preprints

Le dépôt des preprints

Scooping


Questions fréquemment posées sur les preprints

Qu’est-ce qu’un preprint ?

Un preprint (également appelé pré-publication) est un manuscrit scientifique qui est déposé par les auteurs sur un serveur public. Le preprint contient les données et informations méthodologiques de l’étude, mais il n’a pas encore été accepté par une revue scientifique. Alors que certains serveurs effectuent de brèves vérifications de contrôle qualité (pour les détails sur les pratiques de chaque serveur, veuillez consulter asapbio.org/preprint-servers), le manuscrit de l’auteur est généralement mis en ligne en quelques jours sans évaluation par les pairs et peut être consulté (et éventuellement traduit, republié ou utilisé d’une autre manière, selon la licence) sans frais par quiconque dans le monde. La plupart des serveurs de preprints permettent le dépôt de versions mises-à-jour de l’article en fonction des commentaires et/ou de nouvelles données. Cependant, la plupart des serveurs conservent également les versions antérieures du preprint, qui ne peuvent généralement pas être supprimées, dans l’intérêt d’assurer la préservation de l’historique scientifique. Les preprints permettent aux chercheurs de contrôler directement la diffusion de leurs travaux auprès de la communauté scientifique mondiale.

Les preprints sont-ils compatibles avec les revues scientifiques ?

Oui. Alors que les preprints et les articles de revues scientifiques permettent aux chercheurs de partager leur découvertes avec la communauté scientifique, ils sont complémentaires car les preprints permettent la diffusion de ces découvertes à un stade préliminaire.

Dans la plupart des cas, le travail publié comme preprint est également soumis à une revue scientifique pour l’évaluation par les pairs. Ainsi, les preprints (rapidement disponibles mais le plus souvent non validés par l’évaluation par les pairs) et les publications dans les revues scientifiques (moins rapidement disponibles, mais fournissant une validation par l’évaluation par les pairs) fonctionnent en parallèle comme systèmes de communication pour la recherche scientifique.

Dans de nombreuses disciplines, la plupart des revues autorisent le dépôt et la citation des preprints. Pour plus d’informations sur les politiques éditoriales concernant l’utilisation des preprints, vous pouvez consulter SHERPA/RoMEO, Transpose ou la page Wikipedia sur des revues scientifiques. Cependant, avant de soumettre un manuscrit à une revue, nous vous recommandons toujours de visiter le site Web de la revue pour vérifier les informations les plus récentes sur leur politique éditoriale.

Un preprint peut-il être bénéfique pour ma soumission à une revue scientifique ?

Beaucoup des serveurs de preprint sont intégrés à une ou plusieurs revues, ce qui permet de soumettre le manuscrit à la fois à un serveur de preprint et à une revue scientifique. Vous pouvez consulter le répertoire des serveurs de preprints pour plus d’information sur ces intégrations.

Les serveurs des preprints peuvent également servir comme ‘vitrine’ permettant aux éditeurs de revues d’identifier les manuscrits et d’inviter les auteurs à soumettre le preprint à leur revue. PLOS Genetics a une équipe d’éditeurs de preprints’, comme décrit dans cet article. Les Proceedings of the Royal Society B ont également un éditeur de preprints. Pour en savoir plus sur les politiques et pratiques éditoriales, allez voir notre page.

Les commentaires sur les preprints peuvent aider les auteurs à améliorer leur manuscrit et pourraient également être utilisés pour compléter le processus d’évaluation par les pairs de la revue. Il existe différentes voies disponibles pour fournir des commentaires sur les preprints:

  • Sur le site du preprint, en utilisant des fonctionnalités de commentaire disponibles.
  • Sur les réseaux sociaux, for example, Twitter
  • preLights: une plateforme où les chercheurs en début de carrière publient des résumés sur les preprints qu’ils ont trouvés intéressants.
  • PREreview: un site pour poster des évaluations de preprints (sous forme libre ou en suivant les modèles suggérés)
  • Peer Community In: Les auteurs de preprint peuvent soumettre sur cette plateforme, qui coordonnera ensuite la révision par les pairs pour ce manuscrit. Peer Community In rendra une décision et publiera un texte de recommandation en cas d’acceptation.

PLOS a mis en place un programme pilote dans lequel les auteurs peuvent opter pour que les commentaires de la communauté sur les serveurs de preprints soient pris en compte par les éditeurs, parallèlement à l’évaluation traditionnelle par les pairs. La plateforme Review Commons (une collaboration entre ASAPbio et EMBO) permet aux auteurs de déposer des preprints évalués par les pairs qui peuvent également être soumis à des revues affiliées à la plateforme.

Pourquoi utiliser des preprints ? Quels sont ses avantages ?

Étant donné que la publication dans des revues scientifiques peut être lente et que le processus d’évaluation par les pairs est imprévisible, les preprints fournissent un mécanisme permettant de communiquer les travaux de recherche rapidement avec la communauté scientifique. C’est un avantage pour la science en général, car la diffusion de nouvelles connaissances ou techniques mène à de nouvelles découvertes. Dans le même temps, il y a des avantages concrets pour les chercheurs qui utilisent les preprints, dont un sous-ensemble est décrit ci-dessous. Bon nombre de ces points sont également décrits dans un commentaire publié dans le magazine Science (20 mai 2016).

  • Accélération de la divulgation et augmentation de la visibilité des résultats préliminaires dans les situations où des informations rapides sont particulièrement précieuses (un exemple concret est la pandémie de COVID-19 – ASAPbio a une page avec des informations sur la COVID-19 et des preprints).
  • Preuve de productivité et de résultats. Un preprint fournit une preuve publique de vos découvertes les plus récentes aux agences de financement et aux comités de recrutement et d’évaluation, qui peuvent prendre ces informations en compte dans leurs évaluations.
  • Visibilité et attention accrues. Le dépôt d’un preprint augmente l’attention portée à votre travail sur les réseaux sociaux ainsi que le nombre de citations (Serghiou 2018, Fraser 2020, Fu 2019). Un preprint offre également la possibilité d’être invité à des conférences, car les organisateurs sont souvent intéressés par des contributions qui n’ont pas encore été publiées dans une revue.
  • Commentaires sur votre travail. Un preprint vous permet de partager votre travail avec d’autres chercheurs et de solliciter leurs commentaires. D’autres chercheurs intéressés par votre travail peuvent vous contacter par email ou via la section commentaires du serveur de preprints. Ce type d’échanges et de commentaires permet d’améliorer la publication finale dans une revue scientifique, au-delà des commentaires des deux ou trois experts anonymes qui évaluent normalement le manuscrit pour une revue.
  • Établissement de l’antériorité des découvertes et des idées. En physique, les preprints sont le principal mécanisme de diffusion des travaux et de revendication de l’antériorité. Nous prévoyons que la biologie évoluera vers une situation similaire (ce document sur l’un des événements organisés par ASAPbio et un article dans eLife par Vale et Hyman discutent ce point).
  • Potentiel de développer de nouvelles collaborations, et de le faire plus tôt dans le processus de recherche. Une fois qu’une technique ou des résultats sont dans le domaine public, ils permettent de nouveaux échanges qui font avancer votre travail.
  • Accès gratuit à votre travail. Les résultats de vos recherches sont accessibles à tous les chercheurs, sans abonnement ni services payants imposés par une revue scientifique.

Qu’est-ce qui constitue un preprint et quand dois-je déposer mon travail en tant que preprint ?

Un preprint est généralement le même manuscrit que celui soumis à une revue, et il permet également la divulgation d’informations qui peuvent être plus difficiles à publier (par exemple des résultats négatifs). Vous trouverez plus d’informations dans la section «Le dépôt des preprints».

En tant que revue, institution ou agence de financement, devons-nous gérer un serveur de preprints ?

De nombreuses maisons d’édition ont lancé leurs propres serveurs de preprints (y compris Under Review de Wiley, le service In Review de Research Square utilisé par Springer Nature et preprints.org de MDPI).

Cependant, il n’est pas nécessaire qu’une revue scientifique lance son propre serveur de preprints car de nombreuses plateformes remplissent déjà cette fonction. Ce répertoire des serveurs de preprints fournit une liste des serveurs relatifs à la biologie ainsi que leurs caractéristiques.

En tant que revue scientifique, que puis-je faire pour indiquer que nous acceptons la soumission de manuscrits déposés comme preprints ?

Concevez une politique éditoriale claire et complète à propos des preprints et incluez-la dans les pages des Instructions aux auteurs. Les éléments à considérer dans le cadre de la politique éditoriale comprennent:

  • Quelle version du manuscrit peut être déposée comme preprint ? La version originale envoyée à la revue, celui après l’évaluation par les pairs, toutes les versions (y compris les postprints), etc.
  • Quel type de licence est autorisé pour le preprint ?
  • Les preprints peuvent-ils être cités dans la liste des références ?
  • Les auteurs sont-ils libres de déposer leur preprint sur n’importe quel serveur de preprints ?
  • Avec quel type de couverture médiatique les auteurs peuvent-ils ou devraient-ils s’engager à propos du preprint ?
  • Souhaitez-vous proposer une politique de protection contre la copie (le ‘scoop’), telle que celle proposée par EMBO Journal, eLife, et PLOS Biology ?

Pour des exemples de politiques éditoriales à propos des preprints, voir eLife, PLOS, et Nature Research.

Dans l’idéal, collectez des informations sur le preprint (telles que le DOI ou un autre identifiant) lors de la procédure de soumission du manuscrit à la revue. Envisagez des intégrations avec des serveurs de preprints pour faciliter le transfert des manuscrits (par exemple, B2J et/ou J2B pour bioRxiv et medRxiv, ou le protocole SWORD pour se lier à l’Open Preprint Systems de Public Knowledge Project).

Les preprints sont-ils compatibles avec l’évaluation par les pairs en double aveugle ?

Un processus d’évaluation par les pairs est considéré en «double aveugle» si ni les auteurs ni les évaluateurs ne connaissent l’identité de l’autre. Cette modalité n’est pas très courante en biologie, mais elle est plus fréquente dans les sciences sociales ou humaines. La revue en double aveugle est une approche pour atténuer les biais dans l’évaluation, qui peuvent aller d’un biais contre les femmes dans la position d’auteure de correspondance (évoqué dans des études sur des publications dans les revues Frontiers, eLife, et revues de l’AGU) à un biais en faveur des auteurs au sein des propres réseaux de co-auteurs de l’évaluateur.

Cependant, l’évaluation par les pairs en double aveugle ne peut pas éliminer tous les biais car ce sont les éditeurs qui prennent la plupart des décisions éditoriales et parce que de nombreux évaluateurs arrivent à deviner avec succès l’identité des auteurs. Comme le résume Hilda Bastian: «Le taux d’échec de l’anonymisation [dans 8 essais] était élevé: les taux d’échec moyens variait de 46% à 73% (bien que dans 1 revue de l’un des essais, il n’était que de 10%).» Les taux d’échec de l’anonymisation peuvent être influencés par la manière plus ou moins stricte dont les auteurs masquent leur identité, par exemple en faisant référence à leurs travaux antérieurs.

Les preprints peuvent rendre plus délicate l’anonymisation. Actuellement, aucun serveur de preprints n’autorise le dépôt de façon anonyme. Cela dit, il existe également de nombreuses autres sources d’informations qui pourraient compromettre l’anonymisation. Par exemple, les annonces de séminaires, les résumés ou programmes de conférences ou les postes sur les réseaux sociaux peuvent tous être recherchés sur internet. On s’attend cependant à ce que les évaluateurs participant à l’évaluation par les pairs en double aveugle ne tentent pas de découvrir l’identité des auteurs de manuscrits et qu’ils s’abstiennent d’évaluer des manuscrits des auteurs qu’ils connaissent.

Cela signifie que toute visibilité précoce du travail peut soit nuire à l’intégrité du processus d’évaluation par les pairs en double aveugle, soit rendre plus difficile la recherche d’évaluateurs appropriés. Bien qu’exacerbé par les preprints, ce problème n’est en aucun cas unique à la divulgation d’un travail à travers un preprint.

Les agences de financement et les comités de recherche d’emploi reconnaissent-ils les travaux déposés comme preprints ?

Nous avons compilé une liste des politiques des agences de financement (y compris le NIH, HHMI, Wellcome, MRC, HFSP, CZI, IRSC, Simons, EMBO, Helmsley, Cancer Research UK et BBSRC) et des universités (y compris UC Davis , NYU, UCSC, UT Austin et l’Université Rockefeller) qui prennent en compte les preprints dans leurs processus d’évaluation.

Par exemple, le 24 mars 2017, le NIH des États-Unis a distribué la circulaire NOT-OD-17-050, qui précise que «le NIH encourage les chercheurs à utiliser des produits de recherche provisoires, tels que des preprints», qui peuvent être «cités partout où d’autres produits de recherche sont cités.” Plus de détails peuvent être trouvés dans un blog ultérieur du NIH.

Au Royaume-Uni, les preprints sont considérés comme des documents de recherche valides pour le REF2021.

Certaines agences de financement (CZI, MJFF, et Aligning Science Against Parkinson’s) exigent désormais le dépôt des preprints. En 2021, Wellcome commencera à exiger le dépôt de preprints en cas de «bénéfice important pour la  santé publique».

Pourquoi publier un article dans une revue scientifique si le travail est déjà disponible en preprint ?

Dans le système actuel de reconnaissance et de récompense des activités et contributions scientifiques, les publications dans des revues scientifiques jouent un rôle majeur dans le financement et les promotions des chercheurs. Pour cette raison, la grande majorité des preprints de recherche en physique (c’est-à-dire, à l’exclusion des actes de conférence, des articles de revue narrative, etc.) sont également soumis à des revues scientifiques (voir la diapositive 13 dans l’exposé de Paul Ginsparg), même si le travail est généralement vu et discuté d’abord sous forme de preprint.

Cependant, les revues scientifiques fournissent de nombreux services (souvent importants) pour améliorer et certifier le travail:

  • Les revues fournissent une infrastructure pour l‘évaluation par les pairs et le contrôle de la qualité. L’évaluation par les pairs gérée par les revues reste, malgré ses lacunes, la norme de référence actuelle en matière de validation de la recherche scientifique.
  • De nombreuses revues offrent des services d’édition et d’autres services de production qui améliorent la version finale de l’article, la “Version of Record”.
  • Les revues assurent la promotion et la visibilité du travail auprès des lecteurs de la revue ou à travers des services complémentaires (articles phares, perspectives sur le travail, coordination des communiqués de presse, etc.).
  • L’article peut être amélioré grâce à des révisions et des corrections par le comité de rédaction.
  • Une revue peut s’assurer que les auteurs ont respecté les normes de leur domaine pour le dépôt de données, les divulgations de conflits d’intérêts et d’autres questions.

Où puis-je trouver des preprints ? Les preprints seront-ils inclus dans PubMed ou dans d’autres services d’indexation ?

Europe PMC a commencé à indexer les preprints en juillet 2018. Les preprints sont également disponibles à l’aide d’outils de recherche tels que Google Scholar, lens.org et OSF preprints

Le 1er juin 2020, le NCBI a annoncé un projet pilote pour inclure les preprints financés par le NIH dans PubMed Central, en commençant, dans la première phase, avec des preprints pertinents dans le cadre de la COVID-19.

Les commentaires sur le preprint peuvent-ils nuire à mon manuscrit ?

Certains serveurs de preprints découragent les commentaires anonymes. Cela atténue les commentaires potentiellement nuisibles, car l’identité de l’individu est divulguée et il ou elle devra assumer ses remarques. En effet, dans certains cas, les commentaires peuvent aider un article soumis à une revue (voir ‘Un preprint peut-il être bénéfique pour ma soumission à une revue scientifique ?’). Cependant, l’utilité et les conséquences involontaires potentielles des commentaires sur les serveurs de preprints devraient être étudiées, en particulier lorsque davantage de données auront été acquises sur cette question importante. Une enquête auprès des auteurs de bioRxiv a documenté les sources des commentaires reçus par les auteurs et leurs préférences concernant les voies de réception des commentaires.

Quels sont les principaux arguments contre l’utilisation des preprints ou leurs conséquences involontaires possibles ?

Les éléments suivants ont été soulevés comme des conséquences négatives possibles de l’utilisation des preprints:

  • La publication de données de mauvaise qualité ou non reproductibles sous forme de preprint (les preprints sont publiés sans processus d’évaluation par les pairs).
  • Les chercheurs feront circuler des données prématurément pour revendiquer antériorité et reconnaissance.
  • D’autres chercheurs essaieront de copier (‘scoop’) mon travail si je le dépose comme preprint.
  • Les journalistes et autres lecteurs non-spécialisés utiliseront les résultats sans reconnaître la nature provisoire des manuscrits.

Les publications de mauvaise qualité, les challenges sur la reproductibilité de la recherche et le risque que d’autres copient le travail (‘scooping’) sont des problèmes qui existent déjà dans le système actuel des revues scientifiques, mais il n’y a aucune preuve pour le moment que la situation va empirer avec les preprints. La plupart des arguments de la liste ci-dessus ne se sont pas matérialisés dans la recherche en physique avec l’utilisation du serveur de preprint arXiv (il convient de noter que la recherche clinique dépasse le cadre d’arXiv et que les implications potentielles des preprints sur la recherche sur des sujets humains n’ont donc pas été testées dans ce contexte); à ce jour, rien n’indique que ces problèmes apparaissent en ce qui concerne les preprints en biologie. Le fondateur d’arXiv, Paul Ginsparg, évoque le risque que d’autres copient le travail sans attribution dans la section consacrée au «scooping».

Dans la pratique, ces tendances sont atténuées par la puissante force motrice des chercheurs pour développer et maintenir une bonne réputation au sein de la communauté scientifique : la réputation est l’un des facteurs les plus importants pour développer une carrière scientifique de qualité et durable. Même les chercheurs qui expriment les préoccupations ci-dessus répondent immédiatement «non» lorsqu’on leur demande s’ils pourraient être tentés de se comporter de cette manière. En fait, dans certains cas, un travail de mauvaise qualité/non reproductible peut être repéré par la communauté et corrigé avant d’être publié dans une revue.
Une chose à garder à l’esprit est que les preprints sont considérés comme une divulgation publique aux fins du brevetage. Pour plus d’information, voir la section “Puis-je déposer un preprint si je souhaite breveter mon travail ?“.

Quels sont les serveurs de preprints pour la biologie ?

Il existe de nombreuses options. bioRxiv a connu une croissance régulière du nombre de preprints déposés par mois depuis 2014, et Research Square, qui a été lancé en 2018 et est connecté au service In Review utilisé par Springer Nature, s’est développé rapidement. medRixv est une plateforme sœur de bioRxiv qui héberge des preprints dans les domaines de la recherche clinique. Chaque serveur varie dans sa portée disciplinaire, ses politiques de contrôle et de rétractation et ses caractéristiques technologiques. Pour en savoir plus, visitez le répertoire du serveurs de preprints.

Sans évaluation par les pairs, comment puis-je savoir si un preprint contient des erreurs ou pas ?

Il n’y a aucune garantie et vous devez être conscient que le preprint pourrait contenir des erreurs. Cependant, vous devez appliquer une méfiance similaire aux publications de revues scientifiques, car l’évaluation par les pairs ne parvient pas toujours à détecter des lacunes importantes dans les articles.

Les commentaires que d’autres experts dans le domaine ajoutent sur un preprint, que ce soit dans la section des commentaires du serveur de preprints, sur une plateforme indépendante d’évaluation ou sur les réseaux sociaux, peuvent aider à mettre les résultats en contexte.

Les preprints établissent-ils l’antériorité sur une découverte ?

Dans les communautés des chercheurs en physique, les preprints postées sur arXiv établissent clairement l’antériorité d’une découverte puisqu’elles sont horodatées, accessibles au public et largement cités (pour en savoir plus sur arXiv, voir les commentaires de Paul Ginsparg dans la section sur le ‘scooping’). Ron Vale et Tony Hyman ont publié un article dans eLife sur le thème de l’antériorité dans les communautés des biologistes.

Comment doit-on citer un preprint dans un article de revue scientifique ?

La plupart des revues scientifiques autorisent la citation de preprints dans la liste des références de l’article en question, à l’instar des articles de revue. Le NIH a recommandé un format de citation de preprints qui précise le statut du travail en tant que preprint et inclut son DOI. Comme alternative aux DOI, arXiv utilise son propre système d’identification permanent.

Les preprints sont-ils accessibles en “libre accès” ?

Bien que tous les serveurs de preprints pour biologie permettent actuellement aux lecteurs d’accéder au contenu gratuitement, de nombreux preprints ne sont pas conformes à la définition originale du libre accès, qui permet la redistribution et la réutilisation. Pour permettre ces utilisations, les auteurs peuvent choisir d’appliquer une licence Creative Commons. Pour plus d’informations, consultez notre section sur les licences des preprints. De plus, certains serveurs de preprints exigent que les lecteurs s’enregistrent avant utilisation (voir l’information sur «Enregistrement du lecteur» dans le répertoire du serveur de preprints).

Que faire si des informations incorrectes sont diffusées au grand public ? 

Il est légitime et logique de craindre que les serveurs de preprints deviennent des lieux de publication pour la «pseudoscience», des résultats de recherche de mauvaise qualité ou même des articles qui posent de graves problèmes éthiques ou de sécurité nationale.

De nombreux serveurs de preprints effectuent de brèves vérifications avant de publier des documents. arXiv a largement réussi à bloquer ou à atténuer les problèmes entourant les tentatives de propagation de la désinformation au sujet de la recherche sur le changement climatique.

L’impact potentiel des manuscrits présentant un intérêt pour la santé publique augmente le risque associé à la publication d’informations erronées. Par conséquent, le serveur de preprints en médecine medRxiv effectue une vérification plus stricte que bioRxiv. Bien qu’il existe des risques inhérents à la distribution d’informations médicalement pertinentes avant l’évaluation par les pairs, le serveur medRxiv a joué un rôle déterminant dans la visibilité des recherches et des échanges accrus concernant des études importantes sur la COVID-19, et a donc joué un rôle majeur dans la réponse à la pandémie. ASAPbio a une page qui recueille des informations sur les preprints et la COVID-19.

Certains serveurs de preprints affichent des avertissements en haut de chaque article pour indiquer clairement que les preprints n’ont pas été certifiées par l’évaluation par les pairs. Par rapport à un preprint, la divulgation d’informations erronées par le biais d’une revue scientifique peut être beaucoup plus dommageable, car la revue porte un sceau implicite d’approbation de la communauté scientifique (un exemple est le lien entre les vaccins et l’autisme qui a été publié dans une revue médicale réputée).

De nombreux serveurs de preprints ont également des politiques sur les situations où le contenu peut être complètement supprimé pour des raisons éthiques ou légales. La fuite de données personnelles du site de rencontres OKCupid sous un prétexte scientifique fournit un exemple de ce type de situation.

Ce répertoire des serveurs de preprints fournit plus d’informations sur les inspections de contrôle, la rétractation ou la suppression des preprints et les avertissements de non-certification par une évaluation par les pairs de chaque serveur.

Puis-je déposer un preprint si je souhaite breveter mon travail ?

Les preprints, comme les articles de revues, sont considérés comme des divulgations publiques, ce qui peut affecter une demande de brevet. Par conséquent, si vous avez l’intention de déposer une demande de brevet pour un travail divulgué dans votre manuscrit, discutez de la situation avec votre bureau de transfert de technologie avant de procéder au dépôt d’un preprint.

Le dépôt des preprints

Que dois-je considérer avant de déposer un preprint ?

Avant de déposer un preprint, nous vous suggérons de suivre les étapes suivantes:

  • Vérifiez les politiques éditoriales de la revue pour savoir quand et dans quels serveurs les preprints peuvent être déposés.
  • Choisissez un serveur de preprints. Tenez compte de la visibilité du serveur, des recommandations des agences de financement et des fonctionnalités telles que la préservation et l’indexation, qui sont répertoriées dans ce répertoire du serveur de preprints.
  • Choisissez une licence pour le preprint.
  • Obtenez l’approbation de tous les auteurs pour déposer le preprint. Les informations contenues dans le centre d’information sur les preprints (et sur cette page FAQ) peuvent aider à répondre aux questions potentielles de vos coauteurs.
  • Déposez tout code/données/réactifs que vous souhaitez partager dans des entrepôts appropriés.
  • Déposez le preprint!
  • Suscitez des commentaires sur votre travail via les réseaux sociaux ou par e-mail.

Comment dois-je préparer mon preprint avant de le déposer ?

Préparez votre manuscrit aussi soigneusement que vous le feriez pour une soumission à une revue scientifique, sinon plus. Dans bioRxiv, toutes les versions du manuscrit déposées sont conservées et accessibles.

Contrairement à une soumission à une revue scientifique, qui ne sera vue que par deux ou trois évaluateurs anonymes, votre preprint est public et la communauté scientifique pourra juger votre travail immédiatement. Assurez-vous donc que votre preprint réponde aux critères de rigueur et de qualité auxquels vous aspirez pour vous et votre équipe. Un preprint bien construit vous aidera à bâtir votre réputation scientifique. En revanche, un preprint déposé à la hâte et qui contient des erreurs scientifiques (ou même des erreurs grammaticales) pourrait être préjudiciable. Un éditeur et les évaluateurs peuvent aider à corriger les erreurs dans le cadre des services de la revue scientifique; cependant, pour un preprint, la responsabilité du contrôle de la qualité incombe aux auteurs. Nous recommandons aux auteurs responsables du dépôt d’effectuer un processus d’examen interne rigoureux, qui peut impliquer des membres du laboratoire ou des chercheurs en dehors de votre équipe.

Assurez-vous également que la liste des auteurs fournit un crédit approprié à tous ceux qui ont contribué au travail, comme vous le feriez pour un article de revue ou un résumé pour une présentation lors d’une conférence.

Puis-je déposer mon manuscrit dans plusieurs serveurs de preprint ?

Le dépôt sur plusieurs serveurs de preprints peut poser des problèmes à la fois aux auteurs et aux lecteurs. Il peut être plus difficile pour les auteurs de maintenir toutes les versions à jour sur différents serveurs, et cela peut entraîner la division des citations et d’autres mesures d’utilisation entre différentes copies, ce qui rend plus difficile le suivi de l’impact du travail. Les services d’indexation et les outils de recherche peuvent également avoir à gérer des copies en double, donnant potentiellement la préférence à l’affichage de l’un par rapport à l’autre.

La motivation pour soumettre à plusieurs serveurs de preprints est souvent d’augmenter la visibilité potentielle d’un manuscrit. Cela peut être plus facilement accompli en partageant le preprint avec des collègues par e-mail et sur les réseaux sociaux.

Quelles revues scientifiques autorisent les preprints ?

De nombreuses revues scientifiques qui publient des recherches en biologie autorisent les preprints. Pour vous faire une idée des politiques de preprint, vous pouvez consulter SHERPA/RoMEO, Transpose ou la liste des revues scientifiques selon leur politique sur les preprint sur Wikipedia. Cependant, avant de soumettre un manuscrit, visitez toujours le site Web de la revue pour vous assurer de leur politique éditoriale ou s’il y a eu des changements récents.

Quelle licence dois-je choisir pour mon preprint ?

Vous pouvez consulter la page FAQ sur les licences et discuter des différentes options avec vos co-auteurs avant de déposer la preprint. Veuillez noter que le NIH recommande l’utilisation des licences CC BY, et nous n’avons connaissance d’aucune revue scientifique interdisant de dépôt de preprints avec une licence Creative Commons. Vous pouvez vérifier les licences proposées par chaque serveur dans le répertoire du serveur de preprints.

Est-ce qu’un preprint est différent d’un manuscrit soumis à une revue scientifique ?

Dans la plupart des cas, les deux ont le même contenu. Cependant, le preprint offre plus de liberté en termes de format. Par exemple, le format de communication court de nombreuses revues scientifiques à des exigences strictes en matière de longueur et de formatage, comprenant souvent un seul paragraphe d’introduction et de conclusion. Dans un preprint, vous pouvez étendre l’introduction, la conclusion et les références pour fournir plus de contexte sur le travail. En outre, un preprint peut être déposé en un seul fichier PDF sans les procédures compliquées de dépôt séparé des images qui sont courantes pour les soumissions aux revues scientifiques.

De plus, les preprints n’ont pas besoin d’être liés à la soumission à une revue scientifique, ce qui signifie que vous pouvez déposer un manuscrit scientifique complet et continuer à le réviser jusqu’à ce que vous soyez prêt à le soumettre à une revue.

Quand dois-je déposer mon preprint ?

La décision vous appartient et dépend du moment où vous avez un travail scientifique complet prêt à être partagé. Dans de nombreux cas, lorsque le manuscrit sera également envoyé à une revue scientifique, les preprints sont déposés à peu près au moment de la soumission à la revue. Plusieurs revues ont mis en œuvre des processus qui permettent le transfert de manuscrits en un clic à partir de bioRxiv. Certains chercheurs voudront peut-être déposer un preprint publiquement pendant quelques semaines et solliciter leur communauté pour des commentaires sur le travail, avant de soumettre le manuscrit à une revue scientifique. Certains éditeurs recherchent des manuscrits dans les serveurs de preprints et invitent les auteurs à soumettre à leur revue scientifique. Certaines revues ont même nommé des «éditeurs de preprints» spécialisés pour faire ce travail.

Certains chercheurs peuvent décider de déposer le preprint après avoir reçu la première série de commentaires provenant de l’évaluation par les pairs. Cependant, il est important de noter que certaines revues scientifiques n’autorisent pas le dépôt de nouvelles versions du preprint après l’évaluation par les pairs.

Il est également important de prendre en compte la politique du serveur de preprints. Par exemple, bioRxiv permet le dépôt à tout moment avant l’acceptation par la revue scientifique, mais pas après. Si la version du manuscrit déposée sur un serveur est celle qui a été acceptée par une revue scientifique (équivalente au ‘manuscrit de l’auteur accepté’), cela est considéré comme une post-publication (‘postprint’) au lieu d’un preprint. Vous pouvez consulter les politiques des revues scientifiques au sujet de l’auto-archivage (également connu sous le nom de “Green Open Access” ou libre accès en voie verte) sur les sites Web des revues scientifiques et sur SHERPA/RoMEO.

Quoi que vous décidiez, il est préférable d’être transparent avec l’éditeur de la revue scientifique au sujet de votre preprint en le notifiant lorsque vous déposez le preprint ou dans la lettre d’accompagnement de votre manuscrit.

Dois-je inclure toutes les informations sur la façon dont le travail a été effectué (par exemple, toutes les méthodes) ? 

Un preprint doit divulguer de manière précise et complète les données et les méthodes nécessaires pour évaluer et reproduire le travail, tout comme dans un article de revue scientifique. Si le travail est correctement exécuté, les auteurs devraient également être correctement cités et reconnus pour leur découverte. Comme noté pour la question de mise en forme ci-dessus, une description plus complète aidera le chercheur à se forger une bonne réputation pour la pratique d’une communication scientifique approfondie et ouverte.

Qu’en est-il de la distribution des données, du code et des réactifs décrits dans un preprint ?

Les attentes à cet égard ne sont pas tout à fait claires et il est possible qu’elles changent avec le temps. Actuellement, il peut être avantageux pour les auteurs de partager les réactifs, le code et les données lors du dépôt d’une preprint, mais ils ne sont pas tenus de le faire, contrairement à l’exigence de certaines revues scientifiques. Le partage avant la publication peut déclencher de nouvelles collaborations, accélérer les découvertes et également renforcer la réputation de coopération du groupe. Une enquête approfondie du Center for Open Science a révélé que l’accessibilité des données et des matériels est associée à une meilleure perception de la crédibilité d’un preprint. 

Est-il possible de déposer simultanément des documents de différents laboratoires ?

Il est facile de déposer des preprints ensemble et de faire apparaître le travail de différents groupes en même temps. Au contraire, une revue scientifique peut rejeter un ou les deux documents, ou l’un des manuscrits peut être retardé en raison des demandes d’un examinateur.

Et si je veux réviser mon preprint ?

La plupart des serveurs de preprints permettent de déposer de nouvelles versions du manuscrit. Ainsi, vous pouvez mettre à jour votre manuscrit en fonction de nouvelles expériences ou de commentaires reçus de la communauté ou par le biais de la révision par les pairs d’une revue scientifique, sauf indication contraire de la revue.

Par exemple, sur bioRxiv, il est assez facile de savoir quand une nouvelle version a été déposée, ce qui réduit le risque de confusion quant à la disponibilité de plusieurs versions. Cependant, l’original et toutes les versions ultérieures du manuscrit sont conservés et peuvent être consultés. La plupart des revues scientifiques n’autorisent pas le dépôt de la version finale éditée et approuvée par la revue. Veuillez vérifier la politique exacte de la revue scientifique à laquelle vous avez soumis votre travail.

Que se passe-t-il si je souhaite retirer mon preprint  ?

Pour que les preprints soient considérés comme des objets de recherche permanents pouvant être cités et utilisés pour démontrer de la productivité pour des demandes de subventions ou d’emploi, les lecteurs doivent pouvoir les citer sans craindre qu’ils disparaissent soudainement. Par conséquent, le retrait des preprints est généralement réservé aux cas où il existe des problèmes éthiques ou juridiques au sujet du manuscrit.

A la place d’un retrait, la plupart des serveurs permettent aux auteurs de déposer une nouvelle version du preprint, qui est dans certains cas affichée préférentiellement même si l’ancienne version peut toujours être consultée et citée. Certains serveurs permettent le retrait des preprints (similaire à la rétractation d’un article de revue) en publiant une nouvelle version du manuscrit qui est, à tous égards, un avis de retrait. Consultez les détails sur la gestion des versions des serveurs et les politiques de retrait/suppression dans ce répertoire du serveur de preprints.

Que se passe-t-il si un autre article dans une revue scientifique ou sur un serveur de preprints décrit un travail similaire au mien («scoop») ? Dois-je déposer un preprint ?

De nombreux chercheurs travaillent dans le même domaine et les articles de deux groupes ou plus qui apparaissent dans un court laps de temps sont généralement reconnus comme ayant été réalisés de manière indépendante. L’avantage d’un preprint est que vous pouvez partager votre travail sans aucun délai et donc proche de la date de publication de l’autre article. Bien sûr, tous les manuscrits soumis (que ce soit à une revue ou à un serveur de preprint) devraient citer et discuter de manière équitable des travaux connexes, quel que soit l’endroit où ils apparaissent.

Scooping

Introduction

ASAPbio reçoit de nombreuses questions concernant les preprints et le ‘scooping’. À mesure que les emplois et les subventions pour la recherche deviennent très compétitifs, les biologistes s’inquiètent de plus en plus du ‘scooping’, c’est-à-dire que leurs idées/résultats soient publiés par d’autres et qu’ils ne reçoivent pas l’attribution ou la reconnaissance adéquate.

Nous allons décomposer la question du ‘scooping’ en scénarios et points de vue spécifiques, mais il convient de mentionner que le ‘scooping’, bien que cela puisse arriver, est moins fréquent qu’on ne le pense. La plupart des articles de recherche sont uniques ou suffisamment uniques pour ne pas compromettre leur publication éventuelle. En outre, bien que les réactifs soient devenus plus disponibles et les expériences plus faciles à réaliser, la plupart des travaux ne sont pas aussi faciles à reproduire en quelques semaines par un chercheur sans scrupules.

La question clé est de savoir si les preprints auront les conséquences involontaires d’engendrer de mauvais comportements et de rendre les biologistes plus vulnérables au ‘scooping’ par rapport à la pratique de publication dans des revues scientifiques seules. Notre argument est que cela est peu probable, et en effet, il y aura probablement une plus grande protection et une plus grande équité globale dans l’établissement de la reconnaissance du travail en soumettant à la fois à un serveur de preprint (pour une divulgation rapide et juste) et à une revue scientifique (pour validation par l’évaluation par les pairs), comme indiqué ci-dessous.

L’avis de Paul Ginsparg, fondateur d’arXiv, sur le “scooping”

Comme arXiv a une longue histoire et une longue expérience, nous avons posé la question suivante à Paul Ginsparg, physicien et fondateur du serveur de preprint arXiv:

De nombreux biologistes craignent que leur travail ne soit copié ou volé (‘scoop’) s’ils le déposent sur un serveur de preprints. Est-il courant pour quelqu’un de voir un travail déposé dans arXiv et de se précipiter pour soumettre son propre manuscrit à une revue scientifique pour réclamer l’attribution et recevoir la reconnaissance de ce travail ?

Sa réponse:

“Cela ne peut pas arriver, car les dépôts dans arXiv sont acceptés comme preuves datées d’antériorité.

Au fil du temps, j’ai compris que les biologistes n’utilisent pas ‘scoop’ dans le sens journalistique du terme, où cela signifie une information exclusive d’une importance exceptionnelle ou surprenante, sans connotation contraire à l’éthique. Au lieu de cela, ‘scoop’ dans le contexte de la recherche en biologie semble signifier l’utilisation des informations ou des idées sans donner l’attribution appropriée. C’est malhonnête, bien sûr, quelle qu’en soit la source. De même, lorsque les biologistes sont qualifiés de ‘compétitifs’, cela semble signifier une forme de comportement sans scrupules. J’ai longtemps répondu que les physiciens sont aussi ou même d’avantage compétitifs, dans le sens qu’ils sont désireux d’être les premiers à découvrir un nouveau phénomène et à en obtenir le crédit pour la découverte, mais je précise maintenant que la concurrence s’arrête généralement bien avant de tricher ou de voler. D’un autre côté, si la peur d’un tel comportement contraire à l’éthique peut sembler répandue dans les cercles des biologistes, il n’est pas du tout clair dans quelle mesure le comportement est répandu dans la réalité, ou si d’ailleurs il le serait si les preprints étaient largement disponibles.

Que ces préoccupations soient exagérées ou non, cependant, la solution à long terme pourrait encore être le dépôt systématique des preprints et le consensus dans la communauté sur le fait que cela compte pour établir l’antériorité intellectuelle sur le travail. Il peut y avoir une phase intermédiaire de fraude, mais quelques cas très médiatisés d’avertissement et de censure établiraient rapidement une philosophie et comportements appropriés.

Une fois que les preprints seront plus nombreux, qu’une plus grande visibilité et une plus grande facilité de recherche au sein d’une sous-communauté seront atteintes, personne ne pourra prétendre de manière plausible «ne pas l’avoir vue». Vale et Hyman ont récemment discuté des principes pour établir ‘l’antériorité de la découverte’, séparer la divulgation de la validation et ils ont examiné comment les dates de publication des revues scientifiques peuvent masquer l’antériorité.

La biologie se divise en sous-communautés avec des tailles allant de plusieurs centaines à des milliers de chercheurs, tout comme dans la physique et d’autres domaines de recherche, de sorte que les mécanismes d’auto-contrôle peuvent être tout aussi efficaces.

En ce qui concerne les préoccupations selon lesquelles la recherche en biologie est fondamentalement différente des autres domaines, il existe de nombreuses idées ou calculs en physique théorique qui sont beaucoup plus faciles à reproduire et à revendiquer que ne le serait une expérience en biologie. Et certaines tabletop experiments [qu’on pourrait traduire par “expériences de paillasse”] en physique de la matière condensée pourraient être à peu près comparables à celles de la biologie à cet égard.

Mais l’expérience a montré que des progrès inattendus ou rapides conduisent à une utilisation accrue des preprints au sein des communautés, précisément pour revendiquer l’antériorité, et qu’une utilisation accrue reste la norme par la suite.”

Les preprints peuvent-ils aider en cas de ‘scooping’ involontaire (deux groupes travaillent sur le même problème; le travail d’un laboratoire apparaît en premier) ?

Cela arrive à tous les chercheurs à un moment donné. Nous regardons PubMed ou examinons la dernière table des contenus de la revue scientifique X et nous trouvons une étude similaire. Souvent, il n’y a pas de mauvaise intention, juste des laboratoires différents dans un domaine similaire convergeant sur le même sujet. Naturellement, ce scénario peut être très décourageant pour l’étudiant ou le postdoc du ‘second groupe’ dont les travaux ne sont pas encore publiés.

Avec les preprints: si le ‘deuxième’ groupe est proche de la fin de son travail, il peut déposer ses résultats sur un serveur de preprints. Le premier preprint ou la première publication dans une revue scientifique doit être citée dans ce manuscrit. Si le ‘deuxième’ travail apparaît dans quelques semaines, il est clair que ce travail a été réalisé de manière indépendante car le laps de temps entre les deux divulgations est trop court pour que le ‘deuxième groupe’ ait initié et terminé l’étude de novo après l’annonce du premier travail. Certaines revues scientifiques proposent des politiques de «protection contre le scoop» qui honorent les revendications d’antériorité des preprints même si un article est publié dans l’intervalle dans une revue scientifique.

Sans les preprints: Si le ‘deuxième’ groupe essaie de divulguer ses résultats dans une revue scientifique, alors la situation est moins prévisible. Premièrement, de nombreuses revues pourraient rejeter le travail sans évaluation par les pairs ou après évaluation par les pairs parce qu’il serait trop similaire à un travail déjà publié (même s’il a été réalisé indépendamment et à peu près au même moment). En outre, la publication par la revue prendra du temps (potentiellement des mois), créant ainsi un plus grand décalage entre la première et la deuxième étude et rendant plus ambigu ce que le deuxième groupe a réalisé indépendamment au moment de la divulgation du premier groupe.

Comment les preprints peuvent-ils contribuer à la coopération entre des groupes en compétition ?

Il s’agit d’une situation idéale et assez fréquente dans laquelle deux groupes découvrent qu’ils ont des travaux similaires et souhaitent les partager ou les publier conjointement afin que la date de publication soit similaire.

Avec les preprints : Cette situation est très facile à gérer avec les preprints, car la divulgation est sous le contrôle des chercheurs. Les groupes doivent simplement convenir d’une date à laquelle ils déposeront leur manuscrits sur un serveur de preprints. Les soumissions coordonnées reçoivent alors la même date de publication et sont mises à la disposition de la communauté scientifique en même temps. Il n’y a ni tracas ni imprévisibilité.

Sans les preprints : Le même résultat peut être obtenu avec les revues scientifiques, mais avec plus de difficulté et d’incertitude, car:

  • Les différents groupes scientifiques peuvent décider d’envoyer les manuscrits à différentes revues, en fonction de leur préférence ou de la probabilité d’être accepté. La coordination de la date de publication entre deux ou plusieurs revues est possible mais devient souvent difficile. En règle générale, il faut exercer une pression sur une revue scientifique pour accélérer son processus de publication par crainte de ne pas être le premier à publier.
  • Si les travaux sont soumis à la même revue scientifique, la revue peut finalement décider de n’accepter qu’un seul des deux manuscrits, compte tenu des contraintes d’espace dans la revue.
  • Le processus d’évaluation par les pairs peut être imprévisible dans la même revue scientifique ou dans des revues différentes, ce qui rend difficile voire impossible la coordination du timing. Un manuscrit pourrait également être rejeté à la toute fin du processus éditorial.

En établissant l’antériorité, est-ce que je pourrais être malchanceux et victime de “scoop” pendant le processus de publication lui-même ?

Imaginons un scénario dans lequel deux groupes avec des découvertes similaires soutenues par une qualité de données similaire soumettent leur manuscrits à deux revues scientifiques distinctes en même temps. Pour un groupe, la revue procède à l’évaluation par les pairs, les critiques sont favorables et le travail est publié rapidement. L’autre groupe, en revanche, est moins chanceux et est soumis au cicle des soumissions à répétition et des révisions; deux revues scientifiques rejettent le travail et la troisième demande de longues révisions. Bien que cette situation soit imaginaire, de nombreux chercheurs ont fait l’expérience de soumettre le même manuscrit et de recevoir des résultats différents – le manuscrit est rejeté par la prestigieuse revue A et la prestigieuse revue B, puis procède à une publication rapide dans la prestigieuse revue C.

En soumettant le manuscrit seulement à une revue scientifique, le chercheur perd le contrôle du moment auquel sa découverte est rendue publique. Cette décision est prise par un éditeur. Dans certains cas, il peut y avoir de la chance et tout se passe bien. Dans d’autres cas, le manuscrit peut devoir subir de nombreuses séries de soumissions et d’évaluation par les pairs. Il y a aussi la perception (et peut-être une réalité) que les chercheurs bien connus d’institutions réputées ont plus de facilité à publier rapidement leurs travaux dans les revues prestigieuses, tandis que les jeunes chercheurs et ceux d’institutions moins connues peuvent avoir plus de difficultés. Les preprints garantissent la transparence, l’équité et un calendrier fiable de divulgation.

De plus, les soumissions initiales des manuscrits aux revues scientifiques ne sont pas nécessairement conservées et ne figurent pas dans les historiques de publication. Un chercheur ne peut pas prétendre «J’ai fait la découverte en même temps que le chercheur Y, mais mon article a mis plus de temps à être publié». Le processus d’évaluation par les pairs des revues se déroule «dans les coulisses», la communauté scientifique et l’histoire ne sauront jamais exactement ce qu’un chercheur a découvert ou comment les données ont été interprétées quand il/elle a initialement envoyé le travail à une revue scientifique; il n’y a aucune trace publique de cette soumission. Une injustice s’est peut-être produite lorsque la revue scientifique a retardé la publication, retardant ainsi la divulgation d’une découverte importante. Peut-être y avait-il des problèmes fondamentaux avec les données ou dans l’interprétation originale qui sont apparus au cours de l’évaluation par les pairs. Nous ne le savons tout simplement pas.

Bien que ce ne soit pas son intention, l’article d’Eric Lander ‘The Heroes of CRISPR’ (Lander, 2016 Cell), illustre avec plusieurs exemples le manque de fiabilité de l’utilisation de revues scientifiques pour établir le moment de la divulgation:

“Mojica sortit faire la fête avec ses collègues avec du cognac et revint le lendemain matin pour rédiger son manuscrit. C’est ainsi qu’a commencé une odyssée de 18 mois de frustration. Consciente de l’importance de sa découverte, Mojica a envoyé son article à Nature. En novembre 2003, la revue a rejeté le manuscrit sans évaluation par les pairs; inexplicablement, l’éditeur a affirmé que l’idée clé était déjà connue. En janvier 2004, les Proceedings of the National Academy of Sciences ont décidé que le manuscrit manquait de «nouveauté et d’importance» suffisantes pour justifier son évaluation par les pairs. Molecular Microbiology et Nucleic Acids Research ont rejeté le manuscrit à leur tour. Désormais désespéré et effrayé qu’un autre groupe ‘scoop’ la découverte, Mojica a envoyé l’article au Journal of Molecular Evolution. Après 12 mois supplémentaires d’évaluation par les pairs et de révision, l’article faisant état de la fonction probable de CRISPR est finalement paru le 1er février 2005 (Mojica et al., 2005) »

[…]

“Les auteurs ont proposé que le locus CRISPR sert à un mécanisme de défense – comme ils le disent poétiquement, “les CRISPR peuvent représenter un souvenir des ‘agressions génétiques passées’”. Les efforts de Vergnaud pour publier leurs résultats ont rencontré la même résistance que ceux de Mojica. L’article a été rejeté par les Proceedings of the National Academy of Sciences, Journal of Bacteriology, Nucleic Acids Research, et Genome Research avant d’être publié dans Microbiology le 1er mars 2005.

Enfin, un troisième chercheur – Alexander Bolotin, un émigré russe qui était microbiologiste à l’Institut National de la Recherche Agricole (INRA) – a également publié un article décrivant l’origine extrachromosomique de CRISPR, dans Microbiology en septembre 2005 (Bolotin et al., 2005). Son manuscrit a en fait été soumis un mois après la parution de l’article de Mojica de février 2005 – parce que sa soumission à une autre revue avait été rejetée.

[…]

“Siksnys a soumis son article à Cell le 6 avril 2012. Six jours plus tard, le journal a rejeté l’article sans évaluation par les pairs. (Avec le recul, l’éditeur de Cell reconnaît que l’article s’est avéré très important.) Siksnys a condensé le manuscrit et l’a envoyé le 21 mai aux Proceedings of the National Academy of Sciences, qui l’a publié en ligne le 4 septembre. L’article de Charpentier et Doudna s’en est mieux sorti. Soumis à Science 2 mois après celui de Siksnys le 8 juin, il a passé l’évaluation par les pairs sans aucun problème et est apparu en ligne le 28 juin.”

Certaines revues scientifiques, y compris les titres d’EMBO Press, offrent une protection contre le ‘scoop’ à partir du dépôt du preprint.

Mon preprint sera-t-il visible ? Comment savoir si mon travail n’est pas cité parce qu’il a été ignoré à tort ou parce que d’autres scientifiques ne regardent tout simplement pas les preprints ?

De nombreux physiciens, mathématiciens et informaticiens utilisent arXiv et comme Paul Ginsparg le mentionne dans ses commentaires sur le ‘scooping’, il n’est pas possible de prétendre qu’on ‘ne l’avait pas vu’. Les preprints sont en train de subir une transition et dans certains domaines de la biologie le nombre des preprints est encore faible et certains chercheurs ne les connaissent pas. La situation est susceptible de changer à l’avenir, à mesure que davantage d’outils de recherche intègrent des preprints et qu’ils deviennent plus faciles à trouver. Cependant, même maintenant, les preprints sont des documents publics permanents avec un DOI. Il s’agit de comptes rendus d’une découverte qui peuvent être partagés avec d’autres chercheurs, et qui peuvent être cités dans des articles de revues scientifiques et dans des demandes et des rapports aux agences de financement.

Les preprints entraîneront-ils une multitude de publications mineures de mauvaise qualité simplement pour revendiquer une antériorité et éviter le ‘scooping’ ?

Rien n’indique que ce type de comportement soit apparu dans les communautés de la physique, des mathématiques et de l’informatique à la suite de l’utilisation répandue des preprints. Les chercheurs ne divulguent pas rapidement des travaux de mauvaise qualité car ils craignent de se faire une mauvaise réputation au sein de leur communauté scientifique. De plus, si le travail est médiocre, il sera probablement ignoré par le reste des chercheurs. Un travail n’est pas seulement un horodatage, il doit y avoir des données pour soutenir une découverte et une description et une contextualisation claire de la nature de la découverte afin d’avoir un impact au sein de la communauté scientifique.

Cela dit, les preprints pourraient permettre aux auteurs de divulguer (et de mettre à jour) des manuscrits tout au long de leur processus de développement, leur permettant de partager leurs découvertes avec leurs collègues avant de les peaufiner pour créer une histoire plus complète.

Ma soumission à une revue scientifique peut-elle être sujet au «scoop» par l’apparition d’un preprint d’un autre groupe, entraînant le rejet de mon manuscrit ?

Un autre groupe publie un preprint sur un travail similaire au mien. Je décide que je ne veux pas déposer de preprint mais plutôt aller directement à une publication de revue scientifique. Les chances de publier mon article seront-elles compromises par l’apparition de ce preprint antérieur ?

Nous avons discuté de cette situation avec plusieurs revues et la réponse que nous avons reçue est que les éditeurs ne prennent en compte que les articles qui ont passé une évaluation par les pairs lors de l’application du critère d’originalité. Ils n’utilisent pas les preprints comme base pour décider d’envoyer le travail pour évaluation par les pairs ou pour prendre une décision finale d’acceptation pour publication.

Par exemple, la politique de preprints de Nature Research stipule que ‘les manuscrits déposés sur des serveurs de preprints ne seront pas pris en compte lors de la détermination de l’avance liée à un travail en cours d’évaluation dans une revue scientifique de Nature Research.’

Il convient de noter qu’ignorer sciemment et ne pas citer un preprint dans votre propre article de revue scientifique (ou preprint) serait trompeur, car ce serait ignorer intentionnellement le travail d’un autre chercheur pour faire avancer le vôtre. Ce type de comportement n’est pas toléré dans les communautés de physiciens (voir les commentaires de Paul Ginsparg), et ne devrait pas non plus être toléré en biologie.

Les preprints peuvent-ils empêcher le «scooping» lié aux présentations en conférences ?

Les colloques et les réunions scientifiques sont de plus en plus dominés par des données publiées dans des revues ou sur le point de l’être (par exemple décrites dans des manuscrits acceptés). De nombreux chercheurs sont prudents quant au partage de travaux non encore aboutis, même s’ils ont déjà un manuscrit en préparation, car ils ne savent pas combien de temps il faudra pour les publier. Les présentations orales et les posters lors de conférences ne peuvent généralement pas être citées et seul un nombre limité de personnes ont accès aux présentations/posters, ce qui rend difficile l’utilisation de ces formats pour établir l’antériorité. Un preprint, en revanche, est un document public, accessible dans le monde entier et qui peut être cité. Par conséquent, si un chercheur souhaite divulguer de nouvelles données lors d’une conférence, il a la possibilité de divulguer également ces données dans un preprint, avant ou après la conférence. D’un autre côté, si le travail présenté n’est qu’envoyé à une revue scientifique, on ne sait pas combien de temps il faudra pour que sa diffusion soit publique.

Mon preprint permettrait-il à mes concurrents de rattraper leur retard ?

Naturellement, la réponse est oui. Mais la même chose est vraie pour une publication de revue scientifique. Une fois que le travail est public, toute la communauté scientifique peut utiliser les nouvelles connaissances; c’est ainsi que la science progresse dans son ensemble. C’est pourquoi les preprints sont précieux pour la science, la société, le public et les agences de financement qui paient nos salaires et facilitent nos recherches.