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ASAPbio常见问题解答

Our sincere thanks to Michele Avissar-Whiting and the AJE team for the translation of this FAQ. The page with the FAQ in English is available here.

Home > About > FAQ > Chinese FAQ

一般问题解答

什么是预印本?

预印本是作者上传到公共服务器的论文稿件,包含数据和方法,尚未被期刊接受。有些服务器对要发布的论文稿件进行简单的质量控制检查(关于各服务器在这方面详细操作,请参见asapbio.org/preprint-servers),但作者的稿件通常会在一天左右的时间内被发布到网上,无需同行评审,供任何人免费读取(也可能翻译、转载或以其它方式使用,取决于授权条款)。大多数预印本服务器都支持版本管理,或根据反馈和/或新数据发布更新的版本。但是,它们会保留原先的版本,其无法被删除,可留作学术记录。预印本允许作者直接控制其研究工作在全世界学术界的传播。

预印本与期刊兼容吗?

是的。预印本和期刊文章都能让研究人员向研究界介绍其研究成果,两者是互补的。预印本能这些成果更早被传播。

在大多数情况下,作为预印本发布的同一研究工作也会投稿到期刊,得到同行评审。因此,预印本(发布快,但未经同行评审)和期刊文章(发表慢,但通过同行评审、验证)在科学研究传播上并行不悖。

在许多领域,大多数期刊都允许提交发过预印本的稿件和引用其它预印本文章。欲了解各期刊关于预印本的政策,可查看SHERPA/RoMEOTranspose或维基百科的按预印本政策划分的学术期刊列表。不过,在投稿之前,一定要在相关期刊的网站上查看最新变化或有关政策的细节。

预印本对我向期刊投稿有帮助吗?

许多预印本服务器已与一个或多个期刊整合,作者因此能同时向服务器和期刊投稿。请参见预印本服务器名录中查看这些整合的详细期刊。

预印本服务器也可以作为一个“集市”,在那里,期刊编辑可邀请预约本的作者向其期刊投稿。PLOSGenetics有多位“预印本编辑”,详见这篇文章中的介绍。Proceedings of the Royal Society B也有一位预印本编辑。请在此网页上,阅读我们关于期刊政策和惯例的详细信息。

预印本的评论,无论是在预印本网站、社交媒体上,还是在preLightsPREreviewPeer Community In等网站上,都可以帮助作者改进论文,同时为期刊同行的评审过程提供信息。例如,PLOS正在试行一项计划,使得作者在传统提交供同行评审的同时,可以选择提请期刊编辑考虑发布在预印本服务器上的社区评论。Review Commons平台(由ASAPbio和EMBO联合搭建)允许作者发布经审定的预印本,这些预印本也可以提交给相关期刊。

为什么要发预印本?发预印本有何价值?

由于期刊出版过程可能很慢,而同行评审过程也难以预测,这时,预印本就提供了一种在学术界迅速交流研究成果的机制。这总体上对科学有益,因为新知识或新技术的传播会带来新的发现,并且使用预印本的研究人员也能从中得益。关于这些益处,在此我们仅列举一部分。其中许多观点在《科学》杂志(2016年5月20日)的一篇评论中已有阐述。

● 当及时的信息特别有价值时(如新冠肺炎大流行—见ASAPbio关于新冠肺炎和预印本的资源),能加快中间发现研究工作的速度。

● 作为科研人员研究表现和成就的证据。预印本可以作为公开的证据,提供给资助机构和晋升、聘用委员会,证明科研人员最近的成就,以帮助他们做出决策。

● 提高知名度和关注。发布预印本可以增加社交媒体的关注和引用(Serghiou2018Fraser2019Fu2019),还可以促进会议邀请,因为会议组织者经常寻找那些没有在期刊上发表的近期研究工作。

● 就研究工作得到反馈。您可以将您的预印本链接发送给同行研究人员,征求他们的意见。有时别的研究人员会通过电子邮件或通过服务器上的评论与您联系。这些类型的互动和反馈,可以帮助您改进您最终在期刊上发表的论文,而不仅是得到为期刊审阅您的论文的那几位匿名评审的意见。

● 确立科学发现和想法的优先权。预印本是在物理学界传播研究工作和建立优先权的主要机制,我们预计这种机制将在生物学领域得到发展(见最近ASAPbio会议的文件草案和Vale和Hyman撰写的一篇eLife文章)。

● 提前发展新的合作。一旦您的技术或结果进入公共领域,就会发生新的互动,从而推进您的研究工作。

● 让读者免费读取您的研究工作。您的研究成果可提供给所有研究人员,而无需订阅或翻过期刊设置的付费墙。

预印本包括哪些内容,何时将研究结果发为预印本?

预印本通常是投给期刊的同一稿件。但是目前难以发表的其它类型的信息(如阴性结果)也可以传送。请参见”提交预印本”部分的相关问题解答。

期刊、机构或资助者是否必须运行预印本服务器?

许多出版商已经推出了自己的预印本服务器(包括Wiley的Under Review、Springer Nature使用的Research Square In Review服务和MDPI的preprints.org)。不过,期刊不一定非要推出自己的预印本服务器,因为已有很多存储库可资利用。有关与生命科学及其特性相关的服务器列表,请参见预印本服务器名录

作为期刊,如何确保对提交过预印本的稿件抱持开放心态?

设计一个清晰、全面的预印本政策,并将其纳入《作者须知》中。您可以考虑以下方面:

● 发布哪个版本的稿件?首次提交时的、同行评审后的、还是所有版本(包括后印本)的?

● 支持哪些预印本授权?

● 可以在参考文献中引用预印本吗?

● 作者可以将预印本随心所欲地发布在任何服务器上吗?

● 作者可以或应该对其预印本进行何种类型的媒体报道?

● 您是否希望提供任何独家保护政策,例如EMBO JournaleLifePLOS Biology 所提供的政策?

有关预印本政策的示例,请参阅eLifePLOSNature Research

理想的情况是,在提交稿件时收集预印本信息(如DOI或其它标识符)。考虑与预印本服务器进行技术整合,以利于稿件传输(如B2J和/或J2B用于bioRxiv和medRxiv,经SWORD协议与PKP的OPS连接,等等)。

能对预印本实行双盲审稿吗?

如果作者和审稿人不知道彼此的身份,则审阅过程被视为“双盲”。尽管它在生命科学中应用较,但在社会科学和人文科学中使用普遍。双盲审阅能减轻审阅偏见,这些偏见从对女性通讯作者的偏见(例如在对Frontiers, eLifeAGU journals的研究中注意到的)到对审稿人自己的共同作者关系网中的作者的偏见,不一而足。对于那些使用双盲评审的期刊和学科来说,这是其同行评审过程的一个重要组成部分。

然而,双盲同行评审并不能彻底消除偏见,因为许多决定权在编辑手中,而且审稿人可以成功地猜测出作者的真实身份。正如Hilda Bastian所总结的那样:“[在8项试验中,]盲法失败率很高:平均失败率从46%到73%不等(尽管在其中一项试验中,有一个期刊的盲法失败率只有10%)。”作者在稿件中对自己身份掩藏的严格程度,例如对前人研究工作的引用情况,可影响到盲法失败率。

预印本可能会对推行双盲评审造成更大困难。目前,没有任何预印本服务器支持匿名发布。这样做可能会影响到预印本的许多好处,如知名度和认可度,并带来与伦理披露有关的问题。出于类似原因,COPE不建议匿名发布预印本。尽管如此,许多其它信息来源可能会影响双盲评审过程。例如,研讨会公告、会议摘要或日程,或社交媒体帖子都可以在网络上搜索到。但是,我们希望参与双盲评审的评审者不要试图发现稿件作者的身份,并主动回避评审那些与其相识的作者的论文。

这意味着,任何研究工作的早期可见性都会损害双盲审稿过程的完整性(如果审稿人无视要求仍然试图确定作者的身份),或者使寻找合适的审稿人变得更加困难。虽然预印本加剧了这一问题,但这绝非预印本所独有。

资助者和求职委员会对预印本怎样看?

我们正在追踪资助者(包括NIH、HHMI、Wellcome、MRC、HFSP、CZI、CIHR、Simons、EMBO、Helmsley、英国癌症研究中心及BBSRC)和在求职评估过程中考虑预印本的大学(包括加州大学戴维斯分校、纽约大学,加州大学圣地亚哥分校、得州大学奥斯汀分校、洛克菲勒大学)的政策。

例如,2017年3月24日,美国国立卫生研究院(NIH)发布了NOT-OD-17-050,明确了“NIH鼓励研究者使用中间研究成果,如预印本”,这些中间研究成果可“在任何地方引用”。更多细节可以在随后发布的NIH博客文章中找到。在英国,预印本被视作REF2021的有效成果

一些资助者(CZIMJFFAligning Science Against Parkinson’s)现在要求提供预印本。2021年,Wellcome在”重大公共健康利益”的情况下,开始要求提供预印本

既然已经发了预印本,为什么还要在期刊上再发表一遍?

在现今的奖励制度中,期刊发表的论文在获得资助和晋升中起重要作用。基于此,物理学中绝大多数的研究论文预印本(亦即不是会议论文集、综述等)也投稿给期刊发表(见Paul Ginsparg演讲中的第13张幻灯片),尽管其领域中的研究工作一般总是先以预印本的形式被阅读和讨论。

然而,期刊为改进和验证研究工作提供了许多服务。这些服务是劳动密集型的。

● 期刊提供了用于同行评审和质量控制的基础架构。尽管存在不足,但基于期刊的同行评审仍是当今验证研究工作的黄金标准。

● 许多期刊提供文字编辑和其它制作服务,可提高最终版本或记录版本的质量。

● 广泛的期刊读者群或新增的期刊特色(评点、视角、协调新闻发布等)可提高所发表研究工作的知名度。

● 修改和编辑校正可提高论文质量。

● 期刊可以保证作者在数据库存档、利益冲突披露等问题上符合学科领域的标准。

在哪里可以找到预印本?预印本会与PubMed或类似服务整合吗?

欧洲PMC于2018年7月开始对预印本进行索引工作。预印本也在多种搜索工具(如Google ScholarPrePubMedOSF预印本)中被索引。

2020年6月1日,美国国家生物技术信息中心NCBI宣布了一项试点工作,将在PubMed Central中纳入NIH资助的预印本。在第一阶段中,先纳入与新冠肺炎相关的预印本。

预印本评论会对我的论文造成损害吗?

一些预印本服务器不鼓励匿名评论。这可以减轻潜在的有害评论,因为评论者的身份是公开的,他们必须谨言慎行。确实,在某些情况下,评论可能会对投稿的论文有所帮助(请参阅“预印本能帮助我的论文向期刊投稿吗?”)。但是,应该评估预印本服务器上评论的有用性以及可能带来的意外后果,在有关此重要问题的数据越来越多的情况下,尤其值得注意。对bioRxiv作者的一项调查记录了作者收到和期望的评论来源。

反对预印本的主要论点或可能的意外后果有哪些?

预印本可能带来以下负面影响:

● 劣质和不可复制的数据将以预印本形式发布。

● 研究人员将急于提前发布数据,以争取优先权和声誉。

● 如果我以预印本的形式发布,其他人会试图“抢先发表”相关研究工作。

● 记者和其它专业人士会在没有认识到论文的中间结果性质的情况下,滥用预印本的结果。

劣质出版物、不可复制性和“被别人抢先发表”早已是我们期刊系统的问题,但目前没有证据表明预印本会恶化这些状况。其中大部分问题(除了人类研究)已经在物理学研究中得到了检验,而在arXiv中还没有发生过。也没有任何迹象表明这些问题会在生物学预印本中出现。请看arXiv创始人Paul Ginsparg就“被抢发”问题的答问

在实践中,研究人员希望在学术界长期发展并保持良好声誉,这种强大动力会减轻上述倾向。声誉是研究人员在学术界得以长期发展的最重要因素。即使是提出上述顾虑的研究人员,当被问及他们是否会因诱惑而采取这种不良方式时,他们也会立即回答”不会”。事实上,在某些情况下,劣质/不可重复的研究工作可能会被社区发现,并在期刊最终发表之前得以纠正。

请注意,预印本在专利申请中被视为公开披露。请参阅以下问题中的“如果想为我的研究工作申请专利,可以发预印本吗?”一节。

生物学研究的预印服务器有哪些?

有很多选择。自2014年以来,每月发布在bioRxiv上的预印本数量一直在稳步增长,而最近推出的Research Square(由Springer Nature使用的In Review服务发布)也在迅速扩展。medRixv是bioRxiv发布临床相关预印本的姐妹服务器。每个服务器的学科范围、筛选和撤稿政策以及技术功能各不相同。要了解更多信息,请访问预印本服务器名录

没有同行评审,怎么知道预印本是否有缺陷?

没有同行评审,您不会知道预印本是否有缺陷。您应该知道预印本可能会有缺陷。然而,对预印本,您应该抱持对期刊出版物类似的戒心,因为同行评审常常会遗漏论文中的重要缺陷。

该领域的专家对预印本的评论,无论是在预印本服务器的评论区,在第三方审稿网站上,还是在社交媒体上,都有助于将研究结果置于特殊语境之中。

预印本能否确立优先权?

在物理学界,发布在arXiv上的预印本有明确的发现优先权,因为它们有时间戳,可公开阅读,并被广泛引用(关于arXiv的更多信息,请参见Paul Ginsparg关于“被抢先发表”问题的评论)。由Ron Vale和Tony Hyman撰写的一篇关于生命学术界优先权问题的文章已经发表在eLife上。

如何在期刊出版物中引用预印本?

大多数期刊允许在相关文章的参考文献列表中引用预印本,就像引用期刊文章那样。美国国立卫生研究院推荐了一种预印本引用格式,这种格式可以清楚地表明该文献为预印本,并包括其DOI。虽然ArXiv不使用DOI,但有其自己的持久标识系统

预印本是开放存取的吗?

虽然目前所有与生命科学相关的预印本服务器都允许读者免费访问文本,但许多预印本并不符合开放存取的原始定义,即允许再分发和再使用。为启用这些功能,作者可以选择申请知识共享授权(Creative Commons license)。有关详细信息,请参阅我们的“预印本授权常见问题解答”。此外,一些预印本服务器要求读者在使用前注册(请参阅“预印服务器名录”中的“读者注册”部分)。

如果不正确的信息传播给了大众怎么办?

人们有理由担心,预印本服务器可能会成为“伪科学”、劣质研究成果,甚至是构成严重道德或国家安全问题的论文的发布场所,并在一定程度上为其张目。

许多预印本服务器在论文发布前会对论文进行筛选。arXiv在气候科学方面已经面临这些问题,并在很大程度上设法阻止或减轻了试图传播错误信息的问题。

由于与公共健康相关的论文对公众有潜在影响,这增加了误导信息发布的危险性。所以,医学预印本服务器medRxiv对论文的筛选,要比bioRxiv更为严格。虽然在同行评审前发布医学相关信息存在固有的危险,但medRxiv服务器在提高有关新冠肺炎的重要研究的早期反馈和可见性方面,具有很大的影响力,从而在大流行病应对方面发挥了重要作用。请参阅ASAPbio中关于新冠肺炎预印本的资源。

此外,一些预印本服务器在每篇文章的顶部都会显示免责声明,以明确预印本没有经过同行评审认证。事实上,错误信息如果通过带有学术界默许印记的期刊传递,其危害性可能更大(比如,有关疫苗与自闭症之间关系的内容,曾在一本重要医学期刊上发表)。

许多预印本服务器对于何时可以出于道德或法律原因彻底删除一些内容,专门列有政策规定。这类行为的一个例子是在科学的幌子下,相亲网站OKCupid把个人数据泄漏。

有关筛选、撤回/删除和免责声明的更多信息,请参见预印本服务器名录

如果想为自己的研究工作申请专利,可以发预印本吗?

与期刊文章一样,预印本被视为公开披露,可能会影响专利申请。因此,如果您打算对论文中披露的研究工作申请专利,请在发预印本之前与您的技术转移部门讨论有关情况。

提交预印本常见问题解答

发预印本前应考虑哪些问题?

我们建议您在发预印本之前,完成以下步骤:

  • 仔细检查期刊政策,了解在何时何地可以发布预印本。
  • 选择一个预印本服务器。考虑可见性、资助者建议以及是否有保存和被索引等功能,这些都已在预印本服务器名录中做了分类。
  • 选择一个授权
  • 让所有作者就发布预印本表达意见,并达成共识。请参考预印本信息中心的资源(包括这里的常见问题解答),以解决任何未被解答的问题。
  • 将要共享的任何代码/数据/试剂上载到适当的存储库。
  • 发布预印本!
  • 通过社交媒体或电子邮件邀请反馈。

在点击”提交”按钮之前,应该如何准备预印本?

请像投稿期刊一样认真,甚至更加认真地准备您的稿件。在bioRxiv中,所有提交的版本都会被保留,并可以查看。

期刊投稿只有两三个匿名同行审稿人可以看到。与之不同的是,您发布的预印本是公开的,学术界的同行们可以立即对您的研究工作进行研判。因此,请确保您的预印本符合您对自己或实验室的严谨性和质量要求。一篇构思精巧的预印本将有助于建立您的学术声誉,而仓促提交的预印本如果存在研究上的错误(甚至语法错误),则可能会对您造成不利影响。作为期刊投稿服务的一部分,编辑和同行审稿人可以帮助纠正错误。但对于预印本来说,作者负责质量控制。我们建议预印本投稿人完成严格的内部审核过程,该过程可能需要实验室成员或实验室以外的研究人员参与。

此外,还要确认在作者名单中注明每个人的贡献,就像您在对期刊投稿和提交会议摘要时所做的那样。

能将预印本提交到多个服务器吗?

在多个服务器上发布预印本可能会给作者和读者都带来麻烦。作者可能会发现很难更新所有版本,而且会导致引用的参考文献和其它使用情况指标在多个副本之间割裂,从而更难跟踪研究工作的下游影响。索引服务和搜索工具也可能不得不管理各个重复副本,可能会优先显示一个副本而不是另一个。

向多个预印本服务器上提交的动力通常是为了增加论文的潜在曝光率。其实,通过电子邮件和社交媒体与同事分享预印本,可以更容易地做到这一点。

哪些期刊允许同时发预印本?

许多发表生物学研究的期刊都允许提交预印本。要了解各个期刊的预印本政策,您可以查看SHERPA/RoMEOTranspose或Wikipedia的按预印本政策分类的学术期刊列表。但是,在提交稿件之前,请仔细检查相关期刊的网站,以了解最新政策变化或详细信息。

我应该为预印本选择哪种授权?

在开始提交过程之前,您可以参考“授权常见问题”,并与您的共同作者们讨论这些选项。请注意,美国国立卫生研究院鼓励使用CC BY授权,我们尚未发现有哪家期刊不允许使用知识共享授权(Creative Commons license)发布预印本。您可以在预印本服务器名录中查看哪些服务器提供哪些授权。

预印本与期刊的投稿是否不同?

它们的内容在大多数情况下是相同的。但在格式上,预印本可能有更多的自由度。例如,许多期刊的短篇通讯对篇幅、格式有严格的规定,往往只能有一段引言和结论。但是,在预印本中,您可以扩展引言、结论和参考文献,为您的研究工作提供更多的背景。此外,预印本可以用一个PDF文件上传,而不需要像期刊投稿那样通常以复杂的形式上传单独的图片。

此外,预印本不需要与期刊投稿挂钩,这意味着您可以发布一份完整的研究稿件,并对其继续修改,直到您准备好向期刊投稿。

我应该在何时发预印本?

这要由您自己决定,取决于您何时有完整的研究工作可以分享。在许多情况下,如果稿件也要投给期刊,预印本会在接近期刊投稿时提交。一些期刊已经实现了从bioRxiv一键传稿。一些研究人员可能希望在向期刊投稿前几周公开发布预印本,并通知其所在社区,以获得初步反馈。有些期刊编辑会邀请作者通过预印本服务器向其期刊投稿。有些期刊甚至专门指派“预印本编辑”从事这项工作。

有些研究者可能会在收到第一组审稿意见后决定投稿。但需要注意的是,有些期刊不允许作者在同行评审后向期刊提交新版本继续评审。

同时也要考虑预印本服务器的政策。例如,bioRxiv允许在期刊接受前随时提交,但不允许在期刊接受后提交。如果发布到其它服务器上的版本是被期刊接受的版本(相当于AAM,或“作者接受的稿件”),则该版本将被视为后印本而不是预印本。您可以在期刊网站和SHERPA/RoMEO上查看期刊关于自存档(也称为“绿色开放存取”)的政策。

无论您做怎样的决定,最好在发布预印本时或在投稿信中通知期刊编辑,让他们知道您的预印本发布情况。

我是否需要提交所有关于如何完成研究工作的信息(如所有方法)?

预印本应当公平、完整地披露评估和重复研究工作所需的数据和方法,就像在期刊发表那样。如果执行得当,作者的研究发现则功不可没并被恰当引用。与上述格式问题一样,更完整的描述有助于研究人员在彻底和公开的学术交流中建立起良好的口碑。

如何共享预印本中描述的数据、代码和试剂?

这是一个灰色地带,并且随时间的推移可能会有变化。目前,作者虽然可以从预印本发布后的试剂、代码和数据共享中获益,但并非必须共享这些信息。在这一点上,预印本与大多数期刊出版物不同。在期刊发表前进行共享可以催生新的合作、加速研究发现还能提高团队合作的声誉。开放科学中心进行的一项大型调查发现,数据和材料的链接可提高读者对预印本可信度的看法。

不同实验室的论文联合投稿时怎么办?

使用预印本,可以轻松地联合投稿,让不同小组的研究工作同时显现。相反,期刊可能不希望同时发表两篇论文,或者有一篇论文可能会因为审稿人的要求而推迟发表。

如果我想修改预印本,怎么办?

大多数预印本服务器允许上传新版本的稿件。因此,除非期刊另有说明,您可以根据新的实验结果、社区反馈回来的意见或者基于期刊的同行评审过程来更新论文。例如,在bioRxiv上,人们很容易知道一个预印本在何时发布了新的版本,从而减少了对多个版本的担忧。但是,论文的原始版本和所有后续版本都会被保留,并且可被查看。大多数期刊不允许上传编辑完成、期刊已经批准的最终版本。请查看您所投稿的期刊的具体政策。

如果我想撤回预印本,怎么办?

为了使预印本被认为是永久的研究对象,能被引用,并用作申请资助或研究工作表现的证据,必须让读者能引用预印本,而不必担心它们哪一天会自动消失。因此,一般来说,除非原始论文存在重大伦理或法律问题,预印本相关文件将不会被删除。

相反,大多数服务器允许作者更新预印本的版本。某些情况下,新版本被优先显示,而各种旧版本仍可被查看和引用。有些服务器可以让作者在发布新版本预印本的同时撤回老版本(类似于期刊撤回论文),这种情况下,预印本论文版本的更新实际上同时告知旧版本的撤回。关于服务器的版本控制和撤回/删除政策,请参见预印本服务器名录中的详细信息。

如果我的研究工作被其它期刊或预印本服务器上出现的论文抢先发表了,我还要发预印本吗?

许多研究人员工作在同一领域,两个或两个以上小组的论文如果在短时间内出现,通常会被认为他们都是独立完成的。预印本的好处是,您可以毫不耽搁地发布您的研究工作,因此可以更接近于其他人研究工作的发表日期。当然,任何投稿(无论是发送到期刊还是预印本服务器)都应公平地引用并讨论相关的研究工作,而不管其发在何处。

关于“研究工作被别人抢先发表常见问题解答”的简介

ASAPbio收到许多有关预印本和“被抢发”的询问。随着研究工作和资助申请上的竞争变得越来越激烈,生物学家越来越担心“被抢发”,即自己研究工作的想法/结果被别人抢先发表,因而得不到应有的学术认可。

在此,我们试图将“被抢发”的问题分成若干具体的情况和观点。值得一提的是,虽然有“被抢发”的现象,但其发生并不如人们想象的那样普遍。大多数研究工作都是独特的或足够独特的,所以对“被抢发”的担心不会影响到论文发表。此外,尽管试剂变得越来越容易得到,检测也越来越容易进行,大多数情况下,不择手段的研究人员在几周内复制您的研究工作却并非那么容易。

问题的关键是,与只在期刊上发表的论文相比,预印本是否会产生无意的后果,即滋生不良行为,使生物学家的研究工作更容易“被抢发”。我们的观点是,这种情况不太可能发生。事实上,如下所述,在建立研究工作信誉方面,向预印本服务器(供公平及时披露)提交论文,比向期刊(供同行评审确认)提交论文,可能提供更多的保护和总体公平性。

关于“研究工作被别人抢先发表常见问题解答”的简介

ArXiv创始人Paul Ginsparg谈“被抢发”

鉴于arXiv有着长期的记录和经验,我们向物理学家、预印本服务器arXiv的创始人Paul Ginsparg提出了以下问题:

“许多生物学家担心,如果他们把研究工作放在预印本服务器上发布,他们的研究工作可能会“被抢发”。有人看到一项研究在arXiv上发布后,就试图将自己的论文投向期刊以抢发在先,以获得更多的学术声誉,这种情况有多普遍?”

下面是他的回答:

这是不可能的,因为在arXiv发布意味着声明优先权,并带有时间戳。

后来我才弄明白,生物学家并不按照标准的新闻意义使用“独家新闻”。在标准的新闻意义下,独家新闻有极其重要或令人惊讶的意义,但没有不道德的内涵。相反,在生物学研究语境中,“被抢发”似乎意味着在没有适当承认别人研究工作的情况下,使用信息或思

想。当然,无论这些信息或思想来源如何,这都是不诚实的。同样,当生物学家描述“竞争”时,它显然意指某种形式的无良行为。我早就说过,物理学家之间的竞争是一样的,甚至比生物学家之间的有过之而无不及,即他们渴望成为第一个发现某种新现象的人,并因此获得学术声誉。但我现在要澄清的是,竞争与欺骗或偷窃毫不相干,不能混同。另一方面,虽然在生物界,大家普遍担心这种不道德行为,但我们根本不清楚这种行为在现实中到底有多普遍;或者说,是不是广泛使用预印本,就会造成这种行为更普遍。

不过,不管这种担心是否多余,长期的解决方法还是要通过系统性地发布预印本,以及建立共识,即发布预印本对确定科学发现的优先权至关重要。可能会有一些中间盗窃阶段,但是一些备受瞩目的惩戒和谴责案例将能很快建立起正确的学术风气。

一旦预印本在某个子社区内达到较高的数量、知名度和更容易被搜索到,就没有人可以理直气壮地声称自己“没有看到”某篇预印本论文。最近,Vale和Hyman讨论了建立“科学发现优先权”的原则,将披露与验证过程分开,并研究了期刊发表日期如何影响确定这种优先权。

与物理学和其它研究领域一样,生物学领域被划分为许多子社区,每个子社区里面有数百到数千人不等的研究人员。在这里面,自我监管机制同样有效。

有人觉得生物学的研究与其它领域有本质上的不同。其实,理论物理学中的很多想法或计算,比生物学中的实验更容易被复制和巧取豪夺。凝聚态物理中的各种桌面实验,与生物学中的实验也可能大致相当。

但是经验告诉我们,在很多社区内,出乎意料或快速的研究进展会导致人们增加发布预印本,以声明优先权。久而久之,增加发布预印本就成为一种常态。

预印本是否能帮助解决无意中的“被抢发”的情况(两个实验室研究同一个课题;一个实验室的研究工作先出现)?

每个研究人员在某些时候都会遇到这种情况:我们查看PubMed或检查Journal X的最新目录,发现一项与我们自己研究工作类似的研究。通常情况下,这里并不涉及任何不良意图,只不过是类似领域的不同实验室在同一个课题上的一种趋同表现而已。当然,这种情况对于排在“第二”的研究小组里的学生或博士后来说,是非常令人沮丧的,因为他们的研究工作还没有发表出来。

有预印本的情况:如果“第二组”的研究工作即将完成,那么他们可以将研究结果发布到预印本服务器上。在预印本中他们应该引用“第一组”的预印本或期刊出版物。如果“第二组”的研究工作在几周内出现,则很显然,该小组的研究工作是独立完成的,因为两项披露之间的时间间隔很短,“第二组”不可能在第一组的论文公布后才启动并完成该项研究。有些期刊提供“独家保护”政策,即使在这段时间内出现了已发表的文献,也会尊重预印本的优先权要求。

没有预印本的情况:如果“第二小组”试图在期刊上披露他们的研究工作,则情况难以预测。首先,许多期刊可能会因为编辑要求或在同行评审后拒稿,因为它与已经发表的研究工作过于相似(即使它是独立进行的,而且时间大致相同)。此外,期刊发表需要时间(可能长达数月),从而造成第一小组的研究和第二小组的研究之间存在较大的时间差,这样一来,第二组在声称独立取得成果时就变得更加不具有很强的说服力。

预印本如何帮助竞争团队之间的合作?

这是一种理想的、并不罕见的情况,即两个研究小组意识到双方类似的研究工作,并希望一起“共同披露”或“共同发表”,以获得类似的时间戳。

发预印本的情况:这种情况在预印本中很容易解决,因为披露是在研究人员的控制之下。各小组只需商定一个日期,届时都向预印本服务器提交即可。经过协调的投稿同时提供给学术界,会收到相同的时间戳。没有任何麻烦,也没有什么不可预知性。

发期刊的情况:发期刊也可以达到同样的效果,但难度和不确定性更大,因为:

● 不同的科学小组可根据期刊的偏好或被接受的可能性,决定向不同的期刊投稿。尽管在两家或多家期刊之间协调发表日期是可能的,但往往很难。一般来说,必须向其中一家期刊施加压力,以加快其发表进程,因为担心被另一家期刊发表在先。

● 如果向同一期刊投稿,期刊可能考虑到其版面要求,最终决定只接受多篇投稿中的一篇。

● 同一期刊或不同期刊的审稿程序是无法预测的,因此很难或无法协调发表时间。而且一篇论文也可能在发表流程的最后关头被拒。

在确立优先级的过程中,我会不会运气不好,在发表过程中就“被抢发”了?

让我们想象一个场景,两个小组有相似的发现,有相似质量的数据支持,同时向两个不同的期刊投稿。对于其中一组来说,期刊编辑部将作品送出审稿,审稿情况良好,论文很快发表。但另一组没这么幸运,要经历重新投稿和修改的“生死轮回”,先后被两家期刊拒稿,而第三家期刊要求论文做冗长的修改。尽管以上是想象的情况,但大多数研究人员想必都亲身经历过更好的对照实验,即将同一篇论文投给不同期刊,收到不同的结果:被顶级期刊X和Y拒稿后,迅速改投顶级期刊Z并被快速发表。

如果只向一家期刊投稿,研究人员在时间上就失去了公开其科学发现的控制权,因为该决定由期刊编辑做出。运气好的话,可能会顺利通过。运气不好的话,可能要经过多轮的投稿和修改。有一种看法(也许是现实),即顶级研究机构的顶级研究人员在顶级期刊上快速发表论文更为容易,而年轻的研究人员和来自知名度较低的研究机构的研究人员这样做则很难。但是,预印本可提供透明、公平和可靠的披露时间。

此外,最初向期刊提交的稿件会从历史记录中消失。研究人员不能宣称“我和Y同时得出了这项发现,只是我的论文花了更长时间才发表”。期刊审稿过程在“幕后”进行,社会和历史永远不会知道研究人员在最初向期刊投稿时到底有什么科学发现,是如何解释数据的,因为投稿没有公开记录。也许是期刊在发表上的延误,造成一项重要发现在传播上的延迟,导致对某些作者的不公正。但是,也许数据或最初的解释本身存在根本性的问题,在评审过程中才被发现,对此我们根本就是毫无所知。

尽管并非其文章的本意,埃里克·兰德(Eric Lander)在“CRISPR发现中的英雄”一文(Lander,2016 Cell)中,通过几个例子说明用期刊发表时间来确定披露时间是多么的不可靠:

“Mojica出去和同事喝干邑庆祝,第二天早上回来起草论文,从此开始了长达18个月的挫折之旅。Mojica意识到这一发现的重要性,先将论文投给了《自然》杂志(Nature)。

2003年11月,《自然》杂志在没有寻求外部审查的情况下对其投稿做了拒稿决定。编辑莫名其妙地声称其论文的关键想法并非新颖,已经为人所知。2004年1月,《美国国家科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences)认为该论文缺乏足够的“新颖性和重要性”,不值得送审。《分子微生物学》(Molecular Microbiology)和《核酸研究》(Nucleic Acid Research)也相继拒稿。绝望当中,Mojica担心此研究工作会被别人抢先发表,最终将论文投给《分子进化杂志》(Journal of Molecular Evolution)。经过12个月的审查和修订,这篇报道CRISPR可能功能的论文终于在2005年2月1日发表(Mojica等,2005)

[…]

“作者提出,CRISPR位点在防御机制中起作用。他们在文中,这样诗意地描述:CRISPRs是对“过去遭受过‘基因侵略’的回忆”。Vergnaud发表其研究工作的过程,与Mojica遭遇相当。在2005年3月1日发表在《微生物学》(Microbiology)上之前,论文先后被《美国国家科学院院刊》、《细菌学杂志》(Journal of Bacteriology)、《核酸研究》和《基因组研究》(Genome Research)拒稿。

最后,第三位研究者Alexander Bolotin是一位俄罗斯移民。他曾在法国国家农业研究所担任微生物学家,也于2005年9月在《微生物学》(Microbiology)杂志上发表了一篇论文,描述了CRISPR的染色体外起源(Bolotin et al.,2005)。他的报告实际上是在Mojica 2005年2月的论文已经出现一个月后提交的,因为他在给另一个杂志投稿后被拒稿了。”

[…]

“Siksnys于2012年4月6日向《细胞》杂志(Cell)提交了论文。六天后,该杂志未经外部评审就做了拒稿决定(事后看来,《细胞》的编辑也认为这篇论文非常重要)。Siksnys将稿件进行了浓缩,并于5月21日投给了《美国国家科学院院刊》。论文于9月4日在线发表。相比之下,Charpentier和Doudna的论文运气更好,在6月8日他们将论文投给《科学》杂志(这时Siksnys的论文已经发表两个月了),顺利通过评审,并于6月28日在线发表。”

一些期刊,包括EMBO出版社的刊物,在预印本发布时提供发现优先权保护

我的预印本会被看到吗?我怎么知道我的研究工作没有被引用是因为被错误地忽略了,还是因为其它研究人员根本就不看预印本?

许多物理学家、数学家和计算机科学家都使用arXiv,正如Paul Ginsparg在他关于“被抢发”评论中所阐述的那样,声称“我从来没有看到过”是经不起推敲的。在生物学的一些领域,预印本的情况正在经历转型,预印本数量也很少,而很多研究人员对此所知甚少。这种情况在未来可能会发生改变,因为随着预印本被整合到更多的检索工具中,它们就变得更容易被发现。但是,即使是现在,预印本也是带DOI的永久性公开文件。它们是研究成果的记录,可以向其它研究人员展示,也可以在期刊论文以及研究资助申请和报告中被引用。

为了防止被“被抢发”和声明优先权,预印本会导致大量短小、劣质论文吗?

在物理学、数学和计算机学术界,尚无迹象表明广泛使用预印本会导致这种情况的发生。研究人员不会赶发低质量的研究工作,因为他们担心这样做,会在其研究工作的领域对其声誉造成不良影响。此外,如果研究工作本身很差,即使抢发出来,也很可能会

被社区的其它成员视若无睹。一项发现不仅仅是一个日期戳,必须要有明确的数据支持和对其性质的清晰阐述,这样才能在学术界产生影响。预印本使得作者能够在整个研究发展过程中发布(和更新)论文,使他们在将其科学发现打磨成更完整、全面的故事之前,就能拿出来与社区分享。

我的期刊投稿是否会因为被另一个小组的预印本“抢发”在先,导致我的论文遭到期刊编辑拒绝?

另一个小组在与我自己相似的研究工作上发布了预印本。我决定不发预印本而直接投稿给期刊。这个先发的预印本会不会影响我的研究工作在期刊发表的机会?

我们曾与几家期刊讨论过这种情况,目前得到的答复是,编辑在使用原创性标准时,只考虑同行评议的论文投稿,不会将已有预印本作为决定是否将稿件送审和最终接受的依据。例如,《自然研究》的预印本政策规定:“《自然研究》期刊在确定某一项研究的科学进展情况时,并不考虑那些在预印服务器上发布的稿件。”

我们注意到,故意忽略并且不在自己的期刊文章(或预印本)中以适当的方式引用较早的预印本,是一种欺骗行为,因为这是故意忽略其他同事的研究工作以推进自己的研究工作。这种行为在物理学界是不能容忍的(见Paul Ginsparg的评论),在生物学界当然也不应该被容忍。

预印本是否有助于防止在学术会议上“被抢发”?

学术会议越来越多地被已发表或即将发表的数据(比如已接受的期刊论文)所主导。对在会议上分享仍处于较早阶段的研究工作,许多研究人员持谨慎态度,哪怕他们手中对这些研究工作已有一份论文草稿。因为他们不知道这些研究工作还需要多长时间才能发表。会议演讲和墙报一般不具有可引用性。因为只有少数人出席会议和看到墙报,所以很难用这些形式来确立优先权。相比之下,预印本是公开的文件,可在全球范围访问,并且可以引用。因此,如果一位研究人员希望在学术会议上披露新数据,他们也可以选择在会前或会后以预印本的形式公开这些数据。相反,如果在会议演讲中发布的研究工作只提交给期刊,那么其公开披露的时间是不确定的。

我的预印本是否能让我的竞争对手迎头赶上?

答案自然是肯定的。但对于期刊发表,情况也是如此。结果一旦公开,整个学术界就可以利用这些公开的新知识。科学事业整体发展的方式就是如此。这就是为什么预印本对科学、社会、公众和支付我们工资并使我们的研究得以进行的资助机构具有价值。